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単純ヘルペスに関しても、どの成分の作用による効果かはわかっていませんが、プロポリスの有効性そのものは確かめられています。
マウスに単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）を経皮感染させ、プロポリスを一日三回経口投与し、皮膚病変、延命作用などの治療効果を観察した実験では、プロポリスに医薬品のアシクロビルに匹敵する効果のあることが確認されています。
また、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ＝エイズ）は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）が原因の病気です。その中でも、世界的に広まっているのが、ＨＩＶ―１と呼ばれるウイルスです。
ＣＡＰＥには、このＨＩＶ―１の複製に関与するＨＩＶ―１インテグラーゼという酵素の働きを阻止し、ウイルスの増殖を抑制する作用があるとの研究報告もあり、抗エイズ薬としての可能性も期待されています。
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